薏苡基因组SSR标记开发与应用

作者：杜磊; 蒙秋伊; 尚昆; 李秀诗; 杨玲玲; 付瑜华^*

来源：分子植物育种, 2022, 20(03): 887-894.

DOI：10.13271/j.mpb.020.000887

• 薏苡(Coix lacryma-jobi)
• 全基因组序列
• SSR
• 分子标记开发

为开发高效的薏苡分子标记，加速薏苡种质资源评价和分子育种进程，本研究以贵州地方品种‘小白壳’全基因组序列为基础，在薏苡基因组序列上识别出7 872 192个SSR位点，平均0.2 kb出现一个SSR位点。其中，单核苷酸为主要重复类型，占总SSR的98.42%，其次为三核苷酸和二核苷酸，分别占总SSR的0.76%和0.74%。6种核苷酸基元的重复次数主要在5～6次，所占比例分别为74.27%和15.17%。以三核苷酸重复基元为对象，随机选择均匀分布在薏苡基因组的200个SSR位点，利用毛细管电泳技术在9个不同类型薏苡材料中对SSR标记的有效性进行检测。结果表明，173对引物有扩增产物，47对引物能够获得清晰的目的条带且具有多态性，有效引物率为23.5%。每对引物平均等位基因数为3.3,PIC值为0.20～0.84，平均为0.60。本研究结果表明薏苡全基因组SSR标记数量丰富，类型多样，开发的具有多态性的标记为薏苡种质资源鉴定、亲缘关系分析和分子标记辅助育种提供了有力工具。

• 单位
  贵州大学; 贵州省农业科学院