一个肝癌相关长链非编码RNA的克隆及序列分析

作者：唐珂; 魏芳; 孛昊; 黄宏斌; 张文玲; 龚朝建; 李夏雨; 宋亚莉; 廖前进; 彭淑平; 向娟娟; 周鸣; 马健; 李小玲; 熊炜; 李勇; 曾朝阳; 李桂源

来源：生物化学与生物物理进展, 2014, 41(02): 153-162.

• 长链非编码RNA
• 肝细胞癌
• 染色体11q13.1
• 基因克隆
• 生物信息学

最近我们利用新一代测序(next generation sequencing,NGS)技术对肝细胞癌(hepatocellular carcinoma,HCC)患者活检标本及正常对照肝组织样品进行高通量RNA测序(RNA-sequencing,RNA-Seq),在肝癌样品中染色体11q13.1区域检测到几个相邻的RNA-Seq信号峰,而在正常对照组织中没有检测到,且该染色体区域目前尚无已知基因登录,提示这几个RNA-Seq峰可能代表一个或多个未知的新基因.以此为线索,证实这几个RNA-Seq峰来自同一个新基因,并克隆了该基因全长序列,在克隆该基因全长序列时,发现该基因编码的RNA存在多种剪接形式,最长的转录本为3 562 bp.将该基因编码的12条代表性RNA转录本序列递交到美国国立生物技术信息中心(National Center for Biotechnology Information,NCBI)的GenBank数据库中,GenBank ID号分别为KC136297KC136308.该基因编码的RNA没有发现明显的开放阅读框(open reading fragment,ORF),提示该基因可能编码长链非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA).为了探讨该lncRNA基因可能的转录调控机制,我们用生物信息学方法预测了该lncRNA基因潜在启动子区域,发现在其转录起始位点上游-719-469 bp处有一个潜在的启动子,其中包含7个Sp1、1个STAT5和1个EGR1转录因子结合位点.该lncRNA在肝细胞癌发生发展过程中的作用机制值得进一步深入研究.

• 单位
  湖南省肿瘤医院; 国防科技大学; 中南大学; 中南大学湘雅三医院