近年来测序技术不断革新，获得了突飞猛进的发展。第三代测序技术又被称为单分子测序技术，能够在单分子水平上读取核苷酸序列，主要以Nanopore、PacBio等为代表。与传统第一代和第二代测序技术相比，第三代测序可以产生更长的reads，无需逆转录就可以直接进行核酸测序，测序速度也大大提高，一些相关技术设备使用起来也更加方便。对第三代测序技术的基础理论研究和生物医学的临床实践已被广泛应用。阐述了第三代测序SMRT在微生物基因组、转录组等组学中的应用，以期为微生物相关研究提供理论参考。
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