DNA聚合酶与引物/模板的相互作用对PCR效率的影响(英文)

作者：杨奇奇; 张俊威; 朱坚; 刘建平; 黄强

来源：中国生物工程杂志, 2014, 34(05): 6-13.

DOI：10.13523/j.cb.20140502

• PCR
• DNA聚合酶
• 引物设计
• 结合自由能
• 分子建模

PCR是体外酶促合成特异DNA片段的一种方法,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。传统的PCR引物设计软件基本上忽略了DNA聚合酶与引物/模板的亲和性对PCR效率的影响。为揭示DNA聚合酶与引物/模板的相互作用是否对PCR的效率有影响,通过构建Taq DNA聚合酶与不同序列引物/模板DNA相互作用的三维结构模型,采用MM/GBSA方法计算复合物的结合自由能,以结合自由能为参数,为人血清白蛋白基因(Human Serum Albumin gene,HSA gene)和结核杆菌pyrF基因(Mycobacterium tuberculosis pyrF gene)设计了PCR引物。PCR实验结果表明,引物的PCR效率与结合自由能相关:引物与聚合酶的结合自由能越低,PCR实验的效率相对越高。这说明DNA聚合酶与引物/模板的相互作用对PCR效率有重要影响。因此,引物/模板DNA与聚合酶的结合自由能可以作为PCR引物设计的新参数。

• 单位
  遗传工程国家重点实验室; 生命科学学院; 复旦大学; 上海美迪西生物医药有限公司