基于天竺桂转录组测序的SSR序列分析及EST-SSR标记开发

作者：段豪; 施钦; 王**; 宣磊; 徐建华; 杨颖^*; 芦治国^*

来源：分子植物育种, 2020, 18(21): 7095-7103.

DOI：10.13271/j.mpb.018.007095

• 天竺桂(Cinnamomum japonicum)
• 转录组
• EST-SSR
• PAGE
• 毛细管荧光电泳

为开发天竺桂EST-SSR引物,采用Illumina测序平台对天竺桂根部和叶片组织进行转录组测序,拼接得到80 149条Unigenes,利用MISA软件在17 328条大于1 kb的Unigene中检索到10 540个SSR位点,出现频率为60.83%,分布于7 804条Unigene,发生频率为9.7%。共检测到60种SSR重复基元类型,单核苷酸重复(52.4%)、二核苷酸重复(16.1%)和三核苷酸重复(9.9%)为主要的重复类型。A/T、AG/TC和AAG/CTT分别为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸类型中主导的重复基元。利用Primer 3.0软件设计EST-SSR引物,并随机挑选50对SSR引物,以四个省份5个群体30株不同的天竺桂为材料进行验证,聚丙烯酰胺银染法检测出23对引物可进行有效扩增,其中7对具有多态性。利用毛细管荧光电泳法检测7对多态性引物的位点多态信息含量为0.199～0.832,平均值为0.46,表现出较高的多态性。本研究首次基于天竺桂转录组高通量测序数据开发了EST-SSR分子标记,为天竺桂构建遗传连锁图谱、DNA指纹图谱、遗传多样性评价和分子标记辅助育种等工作提供科学基础。

• 单位
  中国科学院植物研究所