秦伯未作为近现代中医名家,在疫病的辨治中,保有其特色理论;依照疫病的病邪性质、寒温表现、是否夹湿等,结合卫气营血的病期和传变特点展开辨证,相应地施予芳化、辟浊、清透、开窍、化斑、凉血等治法;秦伯未弟子继承并发展秦伯未治疫经验,将其运用于外感热病治疗中,在恢复期治疗上重视运用扶正祛邪法,丰富疫病辨治理论。