系统性红斑狼疮B细胞差异表达基因生物信息学分析

作者：黄晶; 郜赵伟; 郭文涛; 董轲^*

来源：中国医药科学, 2022, 12(15): 59-62.

• 系统性红斑狼疮
• B细胞
• 差异表达基因
• 生物信息

目的 研究系统性红斑狼疮(SLE)患者B细胞差异表达基因及其功能。方法 从NCBI-GEO数据库下载SLE患者B细胞转录组数据集—GSE4588、GSE10325及GSE30153。利用GEO2R筛选SLE患者与健康者B细胞之间的差异表达基因(DEGs)，取交集筛选三个数据集共有DEGs。利用DAVID对共有DEGs进行基因本体(GO)和KEGG通路富集分析。利用STRING对DEGs编码蛋白进行蛋白互作网络(PPI)分析。结果共筛选出9个DEGs，其中USP18、RRM2、OAS3、MAN1A1、IFITM1、IFI44L、IFI44及CD38在SLE患者B细胞中表达显著上调，CD1C表达显著下调。GO分析显示：上述DEGs参与病毒的响应、病毒防御、病毒基因组复制负调控、Ⅰ型干扰素信号通路生物学过程。KEGG通路分析显示：DEGs与造血细胞谱系相关。PPI分析结果显示：USP18、OAS3、IFITM1、IFI44L及IFI44彼此间存在蛋白互作，CD38与CDC1之间存在互作，而MAN1A1及RRM2与其他DEGs之间均无互作。结论 SLE患者B细胞DEGs主要参与病毒相关的免疫调控生物学过程，表明病毒感染或其他原因导致的此类免疫响应在SLE发生发展过程中作用关键。

• 单位
  中国人民解放军空军军医大学; 唐都医院