基于分子动力学模拟与分子对接技术的CD47抗原表位预测

作者：祁麟; 林芳珍; 熊梦裳; 卢杨; 熊冬生^*

来源：生命的化学, 2021, 41(05): 1058-1067.

DOI：10.13488/j.smhx.20200710

• 同源建模
• 分子动力学模拟
• 分子对接
• 表位预测

本文采用分子模拟技术预测CD47抗体的抗原结合表位及氨基酸残基理化性质,为下一步的抗体结构优化提供参考。使用Discovery Studio对CD47抗体C47B222、C47B161、B6H12.2进行同源建模,并对其结构合理性进行评估与分析。使用GROMACS进行分子动力学模拟,深入分析抗体结构的稳定性以及抗体互补性决定区(complementarity determining region, CDR)中柔性较高的氨基酸区域。最后利用ZDock方法将抗体与抗原分子进行刚性对接,分析抗原结合表位。结果显示,成功构建了CD47抗体C47B222、C47B161、B6H12.2的三维结构,并较为准确地预测了其与抗原的结合表位。该研究通过分子模拟技术,成功分析了CD47抗体C47B222、C47B161、B6H12.2的理化性质与抗原结合表位,为进一步改造和优化抗体结构奠定了理论基础。

• 单位
  实验血液学国家重点实验室; 中国医学科学院血液学研究所; 中国医学科学院血液病医院