铜绿假单胞菌PvdD蛋白主要特性及抗原表位的生物信息学分析

作者：蔡其刚; 王芬

来源：青海畜牧兽医杂志, 2022, 52(06): 18-51.

• 铜绿假单胞菌
• 假单胞菌素
• 假单胞菌素合成酶D
• 生物信息学
• 抗原表位

为了分析铜绿假单胞菌中假单胞菌素合成酶D(PaPvdD)蛋白的主要特性与抗原表位，进而为研制基于合成酶D(PvdD)的铜绿假单胞菌疫苗提供依据，本研究首先从NCBI蛋白质数据库中下载PaPvdD蛋白的氨基酸序列，然后采用ProtParam、SignalP 4.1、PSORTb 3.0、MotifScan、SYFPEITHI等在线分析软件，结合DNAMAN、DNAStar等生物信息学软件分析、预测PaPvdD蛋白的理化性质、信号肽序列、亚细胞定位、翻译后修饰位点以及B、T细胞表位。结果表明，PaPvdD蛋白由2 448氨基酸(aa)组成，是一种亲水性的不稳定蛋白，不含有信号肽序列和跨膜结构域，可能定位于细胞质。PaPvdD蛋白含有3个B细胞表位(分别位于687～723 aa、1 748～1 784 aa、2 194～2 210 aa)和5个T细胞表位(分别位于97～105 aa、152～160 aa、697～705 aa、787～795 aa、1 005～1 013 aa)。本研究通过生物信息学方法筛选出了PaPvdD蛋白的3个B细胞表位和5个T细胞表位，这为研制基于PvdD的铜绿假单胞菌疫苗提供了理论基础。

• 单位
  青海大学; 遂宁市中心医院