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摘要
合成生物学正朝着大规模、复杂化的方向发展,这在很大程度上依赖于基因模块的高效组装。传统评估DNA组装效率(AE)的方法需要进行转化,整个过程耗时长达10 h,而且容易受到各种因素的干扰。为快速、可靠地测定组装效率,本研究建立了一种基于q PCR的不依赖于转化的测定方法,用连接上的片段占初始加入片段的比例表征组装效率,3 h即可完成测定。利用该方法测定了酶切连接、Golden Gate组装以及Gibson组装法的双片段或多片段组装效率,所得结果与菌落计数法表征的组装效率呈显著正相关。该方法消除了转化过程的随机性,降低了测定偏差,优于传统的菌落计数法。随后,用此方法研究了DNA片段末端的二级结构对组装效率的影响。结果显示,所有依赖于末端序列互补的组装技术,其组装效率主要受重叠序列整体性质的影响,而发夹结构可显著降低组装效率。这种基于qPCR的测定方法将促进DNA组装技术的发展,并有助于对组装效率影响因素的评估。
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