基于TCGA数据库对前列腺癌中免疫相关的长链非编码RNA(lncRNA)的生物信息学分析

作者：王一鹤; 王焱; 底斐瑶; 底泽亚; 席镤; 文一博; 冶卓; 任川川; 文建国^*

来源：细胞与分子免疫学杂志, 2021, 37(02): 113-118.

DOI：10.13423/j.cnki.cjcmi.009142

• 长链非编码RNA(lncRNA)
• 癌症基因组图谱(TCGA)
• 前列腺癌
• 免疫

目的探讨前列腺癌(PCa)组织中免疫相关长链非编码RNA(lncRNA)临床意义,为治疗PCa提供参考。方法从癌症基因组图谱(TCGA)数据库中下载PCa转录数据与临床数据,获取PCa中lncRNA;再下载与免疫相关的基因集;对获取的免疫基因与lncRNA采用Pearson相关性分析法进行共表达以确定与免疫相关的lncRNA,再通过单因素Cox回归和Lasso回归确定关键的lncRNA;采用R软件中的"ggplot package"和"survival package"分析这些lncRNA与临床特征的相关性与预后价值。我们使用lnc2RNA数据库分析lncRNA在正常前列腺组织与PCa组织之间的表达差异。最后使用Starbase、 David在线网站确定有预后价值的lncRNA的靶基因和靶基因的富集分析。结果 AL162586.1、 AC138028.4、 SLC25A25-AS1、 AC002553.1、 AC004816.1、 LINC00641、 AC027796.4是免疫相关且关键的lncRNA,其表达量随着N等级的升高而升高;AL162586.1和SLC25A25-AS1表达量随着T等级升高而升高。SLC25A25-AS1和LINC00641在肿瘤组织中和正常组织中表达量有差异。基因本体论(GO)富集结果显示SLC25A25-AS1主要分布于细胞膜、通过剪接体对mRNA剪接进行负调控,并与核苷酸结合;在KEGG富集中主要富集在剪接体通路。结论 lncRNA已成为PCa新的研究方向,其中SLC25A25-AS1可能是通过剪接途径影响PCa患者预后。

• 单位
  重庆医科大学; 郑州大学第一附属医院; 北京大学