姚舜牧《书经疑问》针对《书经大全》而作,故而书中立论多围绕蔡沈《书集传》。《书经疑问》在承认《书集传》权威地位的同时认为其解经存在不当之处,因而自出新说,或驳正或申述。比勘《书经疑问》与《书集传》,亦可从中管窥《书集传》在晚明的接受情况。