猪戊型肝炎病毒吉林地区分离株全基因序列的分析

作者：朱光泽; 李一权; 范园园; 兰添; 张诺娜; 胡宁宁; 邢彬; 尹秀英; 李霄; 金宁一

来源：中国兽医学报, 2017, 37(01): 54-59.

DOI：10.16303/j.cnki.1005-4545.2017.01.11

• 戊型肝炎病毒
• 基因型
• 同源性

为了了解吉林地区HEV分子背景和流行特征,对2013年采自吉林地区养殖场的毒株编号为Ch-S-1的Ⅳ型戊型肝炎病毒(HEV)的全基因序列进行了分析。通过提取病毒RNA,采用RT-PCR方法分段扩增HEV全长基因,两端采用RACE法扩增,经过序列测定和拼接,利用ClusterX1.81、MEGA3.0、Phylop win 3.0软件分析基因序列。最终得到了HEV Ch-S-1全长基因组(GenBank登录号EF077630,7 261bp),其中ORF1、ORF2和ORF3分别编码1 706,674,114个氨基酸。与人源及猪源各基因型HEV相比,Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF1片段同源性在78.8%86.9%之间,而与基因Ⅳ型的ORF1片段同源性在93.7%97.6%。Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF2片段同源性在87.5%92.4%之间,而与基因Ⅳ型的ORF2片段同源性在95.998.2%。Ch-S-1与基因Ⅰ~Ⅲ型的ORF3片段同源性在75.2%84.0%之间,而与基因Ⅳ型的ORF3片段同源性在97.5%99.2%。结果表明:HEV Ch-S-1全序列的基因结构特征与HEVⅣ型基本一致。

• 单位
  军事医学科学院军事兽医研究所