HIV相关神经认知障碍患者脑组织基因表达谱的变化及生物信息学分析

作者：孙娜; 范颂; 郭亚收; 刘启玲; 李星慧; 张荣强

来源：中华疾病控制杂志, 2017, 21(12): 1277-1281.

DOI：10.16462/j.cnki.zhjbkz.2017.12.021

• HIV
• 基因表达
• 计算生物学

目的分析人类免疫缺陷病毒相关神经认知障碍(human immunodeficiency virus-related neurocognitive disorder,HAND)患者脑组织基因表达芯片数据的生物学网络调控及关键蛋白,为后期HAND预防及治疗提供新的理论依据。方法从基因芯片公共数据库(gene expression omnibus,GEO)中下载美国纽约HAND患者(14例)和非患者(7例)脑组织基因芯片数据,利用基因云,基因大数据分析(gene-cloud of biotechnology informs,GCBI)实验平台、Gen Clip 2.0和Sytoscape 3.5.1软件,筛选差异表达基因,探讨差异基因的蛋白交互作用网络和生物学通路,从转录组角度阐述HAND发展的分子机制。结果与对照组相比,HAND组共有780个(1.43%)差异表达基因;主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒、细胞信号传导及突触传递等功能。LYN和RPS4Y1基因为蛋白-蛋白交互作用网络的核心节点;DNM1、FLT1、NOTCH3、LYN、ISG15和RPS4Y1为关键表达基因,其中,DNM1、FLT1和NOTCH3基因在HAND组低表达,而LYN、ISG15和RPS4Y1基因为高表达,差异均具有统计学意义(均有P<0.05)。结论 HAND组和对照组有780个差异表达基因,LYN和RPS4Y1基因为蛋白网络核心节点,在HAND组中高表达,其功能主要涉及免疫应答、免疫调控、抗感染、抗病毒等生物学功能。

• 单位
  西南医科大学; 陕西中医药大学; 公共卫生学院; 咸阳市中心医院