本发明公开了一种基于混沌序列的控制器加密方法,包括以下步骤:1)控制器和执行机构建立连接后,完成局域网内精确时间同步;2)控制器和执行机构根据系统时钟动态建立相同的混沌密钥序列;3)控制器根据动态混沌密钥序列对原始数据明文进行加密,将加密后的数据发送至执行机构,执行机构解密后即可重新得到原始数据。本发明利用混沌系统对初值和参数的高敏感性,动态生成密钥序列,使密钥序列完全随机,实现一次一密钥,确保所传递的数据难以被破译,避免系统遭到第三方控制,极大的保障了控制系统的安全性。