茎瘤固氮根瘤菌Azorhizobium caulinodans ORS571基因组密码子使用偏好性分析

作者：王新新; 吴亮; 朱生凤; 赵林; 安伟; 陈宇

来源：核农学报, 2013, (06): 768-774.

• 对应分析
• 相关分析
• 卡方检验
• 固氮
• 最优密码子 Correspondence analysis
• Correlation analysis
• Chi square tests
• Nitrogen fixation
• Preferred codon

目前对于自生固氮菌和共生固氮菌的密码子使用特征已有较深入的了解,然而对于既可以进行自生固氮又可以共生固氮的固氮菌的认识仍十分有限。本研究采用对应分析、相关分析和卡方检验等方法对具有这一特征的茎瘤固氮根瘤菌ORS571基因组密码子进行分析,以期深入了解该类固氮菌密码子使用特征。以有效密码子数量(ENC)和密码子第3位GC含量(GC3s)分别为x、y轴绘制ENC-plot图谱,同时绘制描述仅受基因组碱基组成影响条件下的ENC和GC3s关系的期望曲线。结果发现,部分基因位于期望曲线上,说明该菌密码子偏好性受到了基因组碱基组成影响。对应分析和相关分析表明,包括固氮相关基因在内的全部基因在对应分析第1向...

• 单位
  中国海洋石油总公司; 天津大学