鹰嘴豆EST资源中SSR的信息分析

作者：王显生; 贾钰莹; 顾汉艳; 何小玲; 张桦; 张巨松; 石书兵; 李建贵; 麻浩

来源：湖南农业大学学报(自然科学版), 2010, (02): 137-141.

• 鹰嘴豆
• 表达序列标签-简单重复序列
• 频率
• 特性 chickpea
• EST-SSR
• frequency
• characteristics

从NCBI公共数据库下载获得27904条鹰嘴豆表达序列标签EST,去除其中低质量的和冗余序列后得到全长为6198092bp的11224条无冗余EST.利用SSRIT(Simple sequence repeat identification tool)软件共在这些序列中发掘出982个SSR,它们分布于865条EST中,出现频率为8.69%,平均长度为15.58bp,平均距离为6.31kb.在鹰嘴豆EST-SSR中,二核苷酸重复是最主要的重复类型(66.90%),其次是三核苷酸重复类型(30.75%),出现最多的重复基元类型是TA/AT(24.95%).

• 单位
  作物遗传与种质创新国家重点实验室; 南京农业大学; 新疆农业大学