大鼠尿激酶SYBR Green I real time RT-PCR引物的设计

作者：田永红; 熊锦文; 丁晓芳; 李红钢; 黄东晖; 熊承良

来源：生物信息学, 2007, 5(02): 53-57.

DOI：10.3969/j.issn.1672-5565.2007.02.002

• 引物设计
• 生物信息学
• 软件

设计用于SYBR Green I法实时定量逆转录多聚酶链反应(QRT-PCR)检测大鼠尿激酶型纤溶酶原激活因子(uPA)mRNA的引物。从基因库获取靶基因及相关序列,充分收集争分析相关生物信息学数据,应用Oligo 6.22设计出一对长度为21bp的引物,其GG含量为52.4%;上下游引物3’最稳定二聚体和及发夹结构的能量分别为-1.5、-0.40 kcal/mol和-3.5、-O.90 kcal/mol,引物间最稳定二聚体为-3.1 kcal/mol。5’端和中间△G值较高,高于3’端△G;引发效率分别455和403。实验证明,该引物能够高效、特异地实现对靶序列的检测,适用于SYBR Green I法实时定量检测(uPA)mRNA。

• 单位
  华中科技大学同济医学院