基于高通量测序分析不同品种水牛生乳中细菌多样性

作者：谢芳; 谢华德; 唐振华; 彭开屏; 郭艳霞; 杨承剑^*

来源：食品安全质量检测学报, 2020, 11(20): 7527-7535.

DOI：10.19812/j.cnki.jfsq11-5956/ts.2020.20.060

• 水牛
• 牛奶
• 细菌多样性
• 高通量测序

目的利用16S rRNA高通量测序研究广西水牛研究所3品种水牛生鲜乳中的细菌多样性。方法提取当天采集的水牛生乳样本细菌总DNA、PCR扩增细菌的16SrDNA、纯化PCR扩增目的片断,将PCR产物与pMD18-T载体连接,构建其菌群的16S rDNA文库。用Miseq对其16S rRNA基因的V3-V4可变区进行测序以及基于局部比对算法的搜索工具(basic local alignment search tool, BLAST)比对。结果 3品种27个样本共获得1223个光转化单元(optical transform unit, OTUs),三品杂水牛乳、摩拉水牛乳、尼里-拉菲水牛乳独有的OTU分别为295、41和42,共有OTU为511。物种组成与丰度差异显示:3品种优势菌门为:变形菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、拟杆菌门(Bacteroidetes)。优势菌属为:金黄杆菌属(Chryseobacterium)、不动杆菌属(Acinetobacter)、乳球菌属(Lactococcus)、假单胞菌属(Pseusomonas)。样本层级聚类显示:3品种样本间菌落组成相似度较高。PCA与PLS-DA分析表明:3品种样本组内菌群多样性差异不显著,但组间菌群丰度差异明显。结论摩拉、尼里-拉菲及三品杂水牛生鲜乳中细菌菌群均呈现较丰富的多样性,其共有的优势菌群为金黄杆菌(Chryseobacterium)、不动杆菌(Acinetobacter)、乳球菌(Lactococcus)、假单胞菌(Pseusomonas)。各品种间菌群组成种类整体相似,但其主要菌落丰富度差异明显。

• 单位
  中国农业科学院广西水牛研究所; 广西壮族自治区水牛研究所