甜瓜热激转录因子(Hsf)基因家族鉴定及生物信息学分析

作者：司修洋; 梁文杰; 罗澜; 汪宇欣; 刘大伟^*

来源：中国蔬菜, 2020, (11): 23-32.

DOI：10.19928/j.cnki.1000-6346.2020.11.004

• 甜瓜
• Hsf基因家族
• 系统发育
• 生物信息学

热激转录因子(heat shock transcription factor,Hsf)是植物胁迫抗性调控中的一类重要因子,在植物胁迫应答和生长发育调控中起着关键作用。本试验基于甜瓜(Cucumis melo L.)基因组数据,利用生物信息学手段对CmHsf家族进行鉴定,并对其基因结构、位置信息、系统发育、共线性关系及启动子等进行了分析。结果表明:在甜瓜基因组数据中共鉴定到22个CmHsf基因家族成员,这些基因不均匀地分布在11条染色体上,所有基因均含有内含子,且内含子数量大多为1～2个;根据蛋白结构和系统发育分析,CmHsf可被分为3个类群,各类群数量不等,与其他植物Hsf基因在类群划分上具有一定的相似性;在与模式植物拟南芥进行同源进化分析中,系统进化树将所有的CmHsf基因家族聚为3类;在共线性分析中,甜瓜共有19个基因与黄瓜、西瓜存在共线性关系;在启动子分析中,鉴定到脱落酸、茉莉酸、生长素、赤霉素以及干旱、低温、机械损伤等信号响应顺式作用元件。

• 单位
  东北农业大学