东北野猪受选择基因筛选与分析

作者：王文涛; 刘娣^*; 张冬杰; 何鑫淼; 龚林明; 田明; 赵跃坤

来源：黑龙江畜牧兽医, 2022, (12): 46-127.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2021.06.0272

• 东北野猪
• 受选择基因
• 选择性清除
• GO富集分析
• 分子功能
• 生物学过程
• 细胞定位

为了研究东北野猪受选择基因情况，试验对4头东北野猪基因组进行了重测序，采用滑窗法、基因功能和信号通路富集分析等方法筛选4头东北野猪基因组中的受选择基因，并对其功能和参与信号通路进行了富集分析。结果表明：东北野猪基因组中大约有29.81 Mb的区间受到了选择，涉及到411个基因，其中279个基因有功能注释；γ-氨基丁酸受体1(gamma-aminobutyric acid receptor 1,GABAR1)基因、硫氧还蛋白2(thioredoxin 2)基因、激素肽3(tachykinin 3)基因、5-羟色胺受体(5-hydroxytryptamine receptor)基因与神经系统有关，干扰素-欧米伽2(interferon-omega-2)基因、钙调素6(calmodulin like 6)基因与免疫相关，鱼精蛋白1(protamine 1)基因与雄性生殖相关；279个受选择基因作为细胞组分主要与突触后膜、突触膜、突触后成分细胞连接、神经元投射、质膜区有关，具有中链脂肪酸辅酶A连接酶活性、γ-氨基丁酸受体活性、形成碳氧键连接酶活性、神经递质受体活性、突触后神经递质受体活性、钙依赖性磷脂结合等分子功能，参与了多巴胺分泌、多巴胺分泌调节、药物反应等生物学过程；受选择基因在分子功能方面富集不显著[错误发现率(FDR)>0.05]),在生物学过程和细胞定位方面均显著富集(FDR≤0.05);受选择基因在KEGG、Rectome、Wiki数据库的信号通路中均不能显著富集(FDR>0.05),在3个数据库的信号通路中都涉及到了γ-氨基丁酸受体信号途径，在KEGG通路和Wiki通路中都出现了铁死亡途径。说明东北野猪与神经系统、免疫系统相关基因受到了选择。

• 单位
  黑龙江省农业科学院