广东省江门市HIV-1亚型及流行毒株gag基因特征分析

作者：关心; 王立华; 韩敏; 李志菊; 张冬合; 祝亚楠; 胡贵方^*

来源：中国艾滋病性病, 2020, 26(09): 928-957.

DOI：10.13419/j.cnki.aids.2020.09.05

• 艾滋病病毒
• 亚型分析
• 传播簇
• 基因变异

目的了解广东省江门市1型艾滋病病毒(HIV-1)基因亚型分布状况及其主要流行株CRF01AE的传播和基因变异特征。方法收集江门市2018-2019年新确证为HIV-1感染且未经抗病毒治疗的208例样本,采用巢式荧光定量聚合酶链反应法(PCR)扩增gag基因序列并测序,应用Genotyping Tool进行基因分型、PhyML3.0软件构建系统进化树,利用Entropy和VESPA程序对CRF01AE毒株亚簇进行氨基酸序列特征分析。结果成功测得gag序列173条,异性性传播占72.83%(126条),同性性传播占17.92%(31条);亚型分析结果显示,CRF01AE 69例(39.88%),CRF07BC 57例(32.95%),19例(10.98%)CRF5501B,12例(6.94%)B亚型,其他亚型包括CRF08BC、CRF5901B、C亚型和URFs共16例(9.25%)。CRF01AE在系统进化树上形成4个传播簇,其中2个主要传播簇共有11个氨基酸位点的特征性氨基酸分布存在显著差异,且传播簇I的氨基酸多态性大于传播簇Ⅱ。结论江门市HIV-1亚型分布复杂多样,以异性性传播为主,存在多种传播簇。CRF01AE亚型为江门地区的优势流行株,其亚簇的氨基酸存在变异。

• 单位
  南方医科大学; 公共卫生学院; 江门市疾病预防控制中心