沙棘根瘤内生菌株库构建与微生物多样性分析

作者：魏继华; 李佳益; 刘宏; 张建国; 罗红梅; 何彩云^*

来源：浙江农林大学学报, 2022, 39(02): 356-363.

• 根瘤内生菌
• 微生物多样性
• 16S rDNA高通量测序
• 菌株库构建
• 沙棘

【目的】沙棘Hippophae rhamnoides根瘤中拥有丰富的微生物资源，探究根瘤内生菌微生物多样性，比较高通量测序与纯培养方法的优劣。【方法】运用16S rRNA高通量测序技术探究沙棘根瘤内生菌相对丰度和多样性差异，并对根瘤内生菌进行分离纯培养，以完成内生菌株库初步构建。【结果】(1)传统分离方法得到纯培养菌株96株，共4门8纲8目13科19属。在门分类水平上，相对丰度较高的主要为变形菌门Proteobacteria和厚壁菌门Firmicutes。(2)高通量测序分析6组样品(M1～M6)中共有14门34纲89目148科314属。在门分类水平上，相对丰度较高的主要为放线菌门Actinobacteria和变形菌门，两者相对丰度之和为87.50%～97.10%。在属的分类水平上，弗兰克氏菌属Frankia占绝对优势，相对丰度为20.12%～74.81%，平均相对丰度为51.49%。(3)高通量测序与纯培养方法的结果有明显差异，在科和属的分类单元上差异较大。【结论】2种方法都体现沙棘根瘤内生菌的多样性，但纯培养方法仅能够分离到部分内生菌，难以评估物种组成及相对丰度。高通量测序分析能够更为全面地反映多样性信息，且为优化纯培养条件而分离特定物种奠定基础。图3表3参41

• 单位
  中国林业科学研究院林业研究所; 南方现代林业协同创新中心; 南京林业大学; 中国林业科学研究院沙漠林业实验中心