影响藏猪与大约克夏猪肌肉品质的lncRNA的筛选及功能分析

作者：宋明坤; 薛明明; 张力戈; 颜铎; 夏宁; 商鹏; 李新建; 韩雪蕾; 乔瑞敏; 李秀领; 李明; **君

来源：畜牧兽医学报, 2022, 53(01): 53-65.

• 藏猪
• 大约克夏猪
• RNA-seq
• lncRNAs
• 肉质性状

旨在分析藏猪和大约克夏猪（180日龄）背最长肌组织中与猪肉质性状相关的长链非编码RNA（lncRNAs）和基因,探讨lncRNAs在猪肉品质中的分子调控作用,为猪肉质性状的改良提供理论依据。本研究根据先前公布的数据,以饲养在相同条件下的180日龄健康藏公猪（n=3）和大约克夏公猪（n=3）为研究对象,收集背最长肌肉品质表型数据,利用相同个体背最长肌转录组数据筛选差异表达lncRNAs和差异表达基因（DEGs）。根据差异表达lncRNAs和DEGs位置关系以及表达的相关性预测lncRNAs顺式作用（cis）和反式作用（trans）的靶DEGs,并对trans靶DEGs进行GO生物学过程和KEGG通路富集分析。进一步筛选潜在影响肌肉生长发育和脂肪沉积的候选差异表达lncRNAs和靶DEGs,构建lncRNAs-DEGs-生物学过程调控网络。最后将筛选的候选靶基因与藏猪和大约克夏猪的肉质性状（滴水损失、pH、肉色、大理石花纹、肌内脂肪含量、肌纤维横截面积、眼肌面积和维生素B1含量）进行关联分析。结果显示,在藏猪和大约克夏猪背最长肌组织中共鉴定出1 546个lncRNAs和20 219个mRNAs,其中包括49个差异表达lncRNAs和154个DEGs,差异表达lncRNAs分别顺式和反式调控7个和138个靶DEGs。功能富集分析发现,大量靶DEGs显著富集到与肌肉生长发育和脂肪沉积相关的生物学过程,包括磷脂酰肌醇3-激酶信号的正调控、肌肉结构发育、脂肪细胞分化、JAK-STAT级联的正调控、MAPK级联的正调控等。调控网络显示,MSTRG.34836.10、MSTRG.151.1调控的靶DEGs最多,其次是MSTRG.21406.1、MSTRG.26709.1。关联分析发现,这些lncRNAs调控的候选靶DEGs有11个与肉质性状显著相关。综上表明,本研究鉴定的部分差异表达lncRNAs与肌肉生长发育和脂肪沉积有关,分析发现这些差异表达lncRNAs可能通过调控HES1、LEP、TGFB2和PER2等基因的表达影响猪肉品质,为进一步解析猪肉质性状的潜在分子机制奠定了基础。

• 单位
  西藏农牧学院; 动物科学学院; 动物科技学院; 河南农业大学