普通丝瓜GH3基因家族全基因组鉴定及表达分析

作者：曾美娟; 刘建汀; 李祖亮; 陈敏氡; 叶新如; 王彬; 朱海生^*; 温庆放^*

来源：江苏农业科学, 2022, 50(18): 82-87.

DOI：10.15889/j.issn.1002-1302.2022.18.013

• 普通丝瓜
• GH3家族
• 生物信息学分析
• 表达分析

以普通丝瓜[Luffa cylindrica(L.) Roem.]为试验材料，基于其全基因组，对生长素酰胺合成酶基因(gretchen hagen 3,GH3)家族成员进行鉴定和生物信息学分析，并分析其在普通丝瓜长果品种、短果品种中的表达情况。结果表明，普通丝瓜全基因组中共存在14个GH3基因家族成员，暂命名为LcGH3.1～LcGH3.14,蛋白序列长度为515～843aa,相对分子量在58.366～96.406 ku之间，LcGH3.8、LcGH3.14为碱性蛋白，其他LcGH3蛋白均为酸性蛋白。LcGH3.1为稳定蛋白，其他LcGH3均为不稳定蛋白。14个LcGH3蛋白均是亲水蛋白，其中LcGH3蛋白主要含有10个基序(Motif),14个LcGH3蛋白均含有Motif 1、Motif 4、Motif5、Motif6、Motif7和Motif 9保守基序。系统进化树分析结果表明，14个LcGH3蛋白聚类在GroupⅡ、GroupⅢ2类。在普通丝瓜长果品种、短果品种商品果中，共有6个GH3基因家族成员存在差异表达，其中LcGH3.1、LcGH3.2、LcGH3.5在短果品种中的相对表达量高于长果品种，LcGH3.8、LcGH3.12、LcGH3.13在短果品种中的相对表达量低于长果品种。推测LcGH3基因家族与普通丝瓜果实发育相关，且与果长密切相关。

• 单位
  福建省农业科学院