结直肠癌中lncRNA相关ceRNA调控网络的构建与分析

作者：何佳琪; 崔馨桐; 王建乔; 李倩; 赵钰佳; 侯晓雯; 冯旭^*; 吴际^*

来源：沈阳医学院学报, 2023, 25(06): 649-653.

DOI：10.16753/j.cnki.1008-2344.2023.06.020

• 长链非编码RNA
• GEO数据库
• 竞争性内源RNA
• 结直肠癌

目的：筛选结直肠癌相关的lncRNA，构建lncRNA-miRNA-mRNA竞争性内源网络，并预测其生物学功能。方法：从GEO数据库下载结直肠癌表达谱芯片数据并进行差异分析，使用Cytoscape软件构建ceRNA调控网络，利用DAVID对差异基因进行基因本体论（GO）功能和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析，使用GEPIA数据库验证差异表达lncRNA与结直肠癌患者预后的关系。结果：从GEO数据库下载芯片GSE156720、GSE126092、GSE156732和GSE134834，筛选出差异表达基因，构建了基于4个lncRNA (HAND2-AS1、MEF2C-AS1、LINC01354和CRNDE)的ceRNA调控网络。GO、KEGG以及蛋白质互作分析结果显示这4个lncRNA可能通过竞争性结合miRNA，参与到结直肠癌的发生发展过程，其中HAND2-AS1与结直肠癌患者预后有关（P<0.05）。结论：通过生物信息学方法构建了结直肠癌lncRNA相关的ceRNA调控网络，为研究结直肠癌的分子机制研究提供了参考。

• 单位
  公共卫生学院; 沈阳医学院