基于N6-甲基腺苷相关长链非编码核糖核酸表达的喉鳞状细胞癌预后分析

作者：李念燊; 韩杏倩; 何金阳; 黎国胜; 练淼兰; 罗宗华; 尹时华; 侯涛

来源：中国耳鼻咽喉颅底外科杂志, 2022, 1-11.

• N6-甲基腺苷
• 长链非编码核糖核酸
• 喉鳞状细胞癌
• 基因富集分析
• 免疫相关性分析

目的 探索N6-甲基腺苷(m6A)相关长链非编码核糖核酸(lncRNA)与喉鳞状细胞癌(LSCC)的预后关系及其临床意义。方法 获取癌症基因组图谱(TCGA)数据库喉鳞状细胞癌LSCC的转录组数据和临床数据,共表达分析筛选m6A基因相关的lncRNA,单变量Cox分析m6A相关lncRNA与LSCC预后关系、套索回归及交叉验证法迭代分析构建LSCC预后模型。采用实时荧光定量聚合酶链式反应(qPCR)验证构建预后模型的lncRNA在LSCC中的转录水平。通过预后模型计算风险评分,将LSCC区分为高、低风险患者,高、低风险患者之间进行基因集富集分析(GSEA)。风险评分与浸润LSCC的免疫细胞进行免疫相关性分析。结果 m6A相关基因与lncRNA的共表达分析筛选出169个与m6A基因相关的lncRNA(相关系数>0.4,P <0.001),通过单变量Cox分析确定了LSCC预后相关lncRNA:ALOX12-AS1 (P <0.05)、LINC00528 (P <0.05)、STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB(P <0.05)、MNX1-AS1 (P <0.01)和LINC02043 (P <0.05)。套索回归、交叉验证迭代分析结果:变量为4时模型的均方根误差最小,即5个预后相关lncRNA仅有ALOX12-AS1、LINC00528、STAG3L5P-PVRIG2P-PILRB与MNX1-AS1可作为模型变量。预后模型:风险评分=(0.176723096228585×MNX1-AS1表达量)+(-0.614916717648596×ALOX12-AS1表达量)+(-0.814201385798827×LINC00528表达量)+(-0.436537752110547×STAG3L5PPVRIG2P-PILRB表达量)。qPCR结果 ALOX12-AS1 (P <0.0001)、LINC00528 (P <0.01)、STAG3L5P-PVRIG2PPILRB(P <0.0001)、MNX1-AS1 (P <0.0001)较于癌旁组织,在喉鳞癌组织表达水平上调。GSEA分析结果:高风险患者在细胞-基质粘附(KEGG_FOCAL_ADHESION)(P <0.05)与细胞外基质受体相互作用(KEGG_ECM_RECEPTOR_INTERACTION)(P <0.05)的通路下调,低风险患者在碱基切除修复(KEGG_SPLICEOSOME)(P <0.05)、剪接体(KEGG_SPLICEOSOME)(P<0.05)通路上调。风险评分与免疫浸润细胞相关性分析,风险评分与效应B细胞(Plasma cells)(R=-0.24,P=0.017)、细胞毒性T细胞(T cells CD8)(R=-0.26,P=0.0091)和T滤泡辅助细胞(T cells follicular helper)(R=-0.22,P=0.028)成负相关。结论 基于m6A相关LncRNA表达量构建的喉鳞状细胞癌预后模型可作为预测LSCC患者预后的有效工具。

• 单位
  广西医科大学