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摘要
为研究龙船花(Ixora chinensis)系统发育进化关系，本研究以龙船花叶片为材料，提取叶绿体DNA，对叶绿体基因组进行测序、组装，并对其大小，结构，基因组成、简单重复序列(SSR)位点、密码子偏好性以及系统发育进行分析。结果显示，龙船花叶绿体基因组长度为154 787 bp，包括大单拷贝区(LSC， 84 800 bp)，小单拷贝区(SSC， 18 777 bp)以及两个反向重复序列(IR， 25 865 bp)，总G+C含量为38%。龙船花叶绿体基因组共编码到133个基因，包括蛋白编码基因88个，转运RNA基因37个，核糖体RNA基因8个。序列鉴定出28个SSR位点，包括23个单核苷酸重复位点，2个二核苷酸重复位点，2个三核苷酸重复位点以及1个复合核苷酸重复位点。密码子适应指数(CAI)为0.158，有效密码子数(ENC)为55.55，密码子偏好性较弱，且较为偏好使用以A/U结尾的密码子。系统发育分析显示，龙船花与栀子的亲缘关系最近，与夹竹桃科、龙胆科等植物亲缘关系较远。本研究结果明确了龙船花的系统发育关系，对龙船花的进一步开发利用提供了一定的理论基础。
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