提出蛋白质间三对三原子填充结构定义,根据此定义对16个膜蛋白质间的原子填充结构进行解析,分析了原子填充结构的形成特点.并根据不同类型氨基酸形成填充结构的频率,分别构建了三对三原子填充结构及传统的一对一原子填充结构的可能性矩阵.