一株埃可病毒16型510/YN/CHN/2010的全基因组分析

作者：郭伟; 许丹菡; 冯昌增; 张名; 鲁明; 朱海莲; 保国红; 马绍辉^*

来源：中国病原生物学杂志, 2021, 16(11): 1239-1243.

DOI：10.13350/j.cjpb.211101

• 埃可病毒16型
• 全基因组测序
• 重组分析
• 进化分析

目的 分析一株埃可病毒16型(Echovirus 16,E16)云南分离株510/YN/CHN/2010全基因组序列及其遗传特性。方法 设计针对E16的引物，提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒目的基因并测序，利用BioEdit 7.2.3、MEGA 7.0和Simplot 3.5.1软件分析其全基因组。结果 E16 510/YN/CHN/2010全基因组核苷酸序列全长7 432 nt,是编码含2 196个氨基酸的多聚蛋白。其全VP1和全基因组与原型株Harrington的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.68%、49.33%和81.26%、97.26%。与其他埃可病毒原型株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为75.72%～88.44%和83.01%～87.65%。系统进化分析将E16分为3个基因型，分离株510/YN/CHN/2010和其他中国分离株均属于B基因型。重组分析显示，510/YN/CHN/2010株可能在非结构编码区的P2段重组。结论 510/YN/CHN/2010分离株为E16 B基因型，可能为重组株。

• 单位
  中国医学科学院医学生物学研究所