广西巴马小型猪CTSK基因CDS区克隆与生物信息学分析

作者：黄叶; 瞿秋红; 奉玲丽; 江雨航; 朱思燃; 张广杰; 张其伟; 綦文晶; 郭亚芬; 兰干球^*

来源：中国实验动物学报, 2019, 27(01): 96-103.

• CTSK基因
• 广西巴马小型猪
• 克隆

目的对广西巴马小型猪组织蛋白酶K(cathepsin K,CTSK)基因CDS区进行克隆及生物信息学分析。方法从广西巴马小猪的皮下脂肪中提取总RNA,通过RT-PCR方法扩增获得CTSK基因CDS区序列,并采用相关生物信息学软件对其序列特征、系统进化、编码蛋白结构和理化性质进行分析。结果广西巴马小型猪CTSK基因CDS全长993 bp,编码330个氨基酸,与NCBI上公布的普通猪(NM214302.1)CTSK基因序列完全一致。同源性比对结果发现,CTSK基因在进化过程中具有较高的保守性。广西巴马小型猪CTSK蛋白具有明显的亲水性区域,在第17-330氨基酸位置区域存在一条信号肽序列,不存在跨膜结构域,二级结构元件由α螺旋、β折叠、无规卷曲和延伸链组成。修饰结构预测发现CTSK蛋白存在两处N糖基化位点,亚细胞定位发现其可能主要分布于内质网和细胞核。结论本研究成功克隆了广西巴马小型猪CTSK基因CDS序列并进行分析,为今后进一步深入研究该基因功能和建立相关疾病动物模型提供理论基础。

• 单位
  广西大学