基于重测序的盘菜的全基因组变异分析

作者：邵勤; 吴琦; 水德聚; 孙继; 丁永电^*

来源：分子植物育种, 2022, 20(23): 7687-7696.

DOI：10.13271/j.mpb.020.007687

• 盘菜
• 全基因组重测序
• 单核苷酸多态
• 小片段插入缺失
• 结构变异

为揭示温州盘菜的全基因组变异类型，本研究采用高通量重测序技术，对当前温州主栽的盘菜品种‘温盘2号’进行全基因组重测序。盘菜的测序深度46×，获得了15.21 Gb的测序数据，与大白菜参考基因组比对，共检测到1 424 852个单核苷酸多态位点(SNP),298 244个小片段插入缺失位点(Small InDel),3 068个结构变异(SV)；这些变异共导致了42 334基因变异；大量与肉质根的形成发育相关的重要基因发生突变，其中包括ZAT9、CYCD6-1、WRKY19、LOX2、CYCD2-1、TIR3、CRK11、COR13、RBOHG等。研究结果在一定程度上反映了盘菜和白菜在基因组水平的差异，可为盘菜分子标记辅助育种提供了重要的标记资源和理论参考。

• 单位
  宜春学院; 温州市农业科学研究院; 生命科学与资源环境学院