基于转录组数据的毛蚶SSR分子标记开发与评价

作者：陈丽梅; 李莉; 石栩蔚; 秦艺铭; 刘利华; 郭永军^*

来源：渔业科学进展, 2022, 43(03): 129-137.

DOI：10.19663/j.issn2095-9869.20210206003

• 毛蚶
• 转录组
• SSR
• 遗传多样性

本研究基于毛蚶(Scapharca subcrenata)的转录组数据，利用MISA软件对其中的微卫星位点进行挖掘。从35 555条unigene中共获得3987个SSR,SSR出现频率达11.21%。SSR重复类型主要以二核苷酸重复为主(58.06%)，其次为三核苷酸重复(19.04%)。共有182种重复基元，不同类型SSR的重复基元分布特征不同，其中，二核苷酸重复基元中AC/GT类型比例最高，为45.70%。毛蚶转录组中SSR重复次数主要集中在5～7次，SSR长度主要集中在12～29 bp，多态性均在中等以上。利用筛选出的14对SSR引物在山东潍坊毛蚶野生群体中进行遗传多样性分析，结果显示，平均有效等位基因数(Na)、平均观测杂合度(Ho)、平均期望杂合度(He)和多态性信息含量(PIC)分别为15.4、0.682、0.852和0.817，从PIC值来看，本研究开发的14个微卫星标记均属高多态性标记(PIC≥0.5)。此外，有7个位点显著偏离哈迪–温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium,HWE)(P<0.05)。结果表明，基于毛蚶转录组数据开发微卫星标记是切实可行的，研究结果丰富了毛蚶的分子标记数量，对毛蚶的种群遗传学分析、遗传图谱构建及分子辅助育种等研究具有重要意义。

• 单位
  天津农学院; 山东省海洋生物研究院