TTN突变相关基因特征对肝细胞肝癌预后的预测价值

作者：毕艳青; 黄容; 宋伟; 张子英; 田梓璇; 刘敏; 包含; 闫涛; 夏远; 张楠; 张星光^*

来源：现代肿瘤医学, 2023, 31(12): 2275-2283.

• TTN突变
• 基因标记
• 预后
• 功能分析
• 肝细胞肝癌

目的:寻找新的有效生物标志物用于肝细胞肝癌(hepatocellular carcinoma, HCC)的早期诊断和预后预测。方法:从癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)下载HCC样本的转录组和临床数据，利用TCGA队列的mRNA丰度数据和TTN突变信息，根据野生型TTN和突变型TTN HCC患者之间的基因表达差异，表征特定的TTN突变相关特征。生存分析筛选与HCC患者预后相关的基因，单因素Cox回归构建预后风险模型。通过GO注释、途径富集分析、京都基因和基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes andGenomes, KEGG)和基因集富集分析(gene set enrichment analysis, GSEA)确定与HCC患者预后相关的差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)的功能。结果:通过单变量Cox回归和Kaplan-Meier生存分析确定的5个基因，腹前同源盒1(ventral anterior homeobox 1,VAX1)、基质金属蛋白酶3(matrix metalloproteinase 3,MMP3)、CXC型趋化因子5(CXC-type chemokine 5,CXCL5)、转酮醇酶样蛋白1(transketolase-like protein 1,TKTL1)和电压门控钾通道Kv1.3(voltage-gated potassium channel Kv1.3,KCNA3)构成了HCC患者总生存(overall survival, OS)预后基因特征。结论:5个TTN突变相关基因，包括VAX1、MMP3、CXCL5、TKTL1和KCNA3,可作为HCC患者生存和预后的潜在生物标志物和治疗靶点。

• 单位
  公共卫生学院; 北京协和医学院; 基础医学院; 内蒙古医科大学; 医学分子生物学国家重点实验室