利用TCGA数据库筛选食管鳞状细胞癌免疫相关mRNA

作者：孟玉娟; 亓民; 马军^*; 袁翎; 任凯凯; 马佳康; 侯明宇; 张中冕

来源：胃肠病学和肝病学杂志, 2020, 29(03): 250-254.

• 食管鳞状细胞癌
• 生物信息学
• 免疫
• 预后
• TCGA
• HAVCR2

目的筛选食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)的免疫和预后相关特征基因。方法基于单样本基因集富集分析(ssGSEA),将TCGA数据库中的ESCC序列和临床资料分为3个免疫浸润组。应用表达数据(ESTIMATE)算法对ESCC组织中的基质细胞和免疫细胞进行分组效应评估,并应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)筛选与免疫表型相关的共表达基因模块,挑选最相关模块中的节点基因,分析其与患者预后的相关性。结果利用ssGSEA算法,81例肿瘤样本分为高免疫组(14例)、中等免疫组(46例)和低免疫组(21例),并用HLA-I和PD-L1基因验证了分组效果。利用WGCNA获得了与免疫相关的模块,在此模块中找到6个免疫相关hub基因,其中HAVCR2 mRNA与ESCC患者生存相关。结论 HAVCR2作为免疫相关基因,可能参与了ESCC的发生、发展,是ESCC潜在预后标志物。

• 单位
  郑州大学; 郑州大学第二附属医院; 消化疾病研究所