大粒香水稻叶绿体基因组特征分析

作者：吴朝昕; 刘雪薇^*; 李祖军; 龙武华; 宫彦龙; 朱速松

来源：广西植物, 2022, 42(11): 1830-1839.

• 水稻
• 大粒香
• 叶绿体基因
• SSR
• 系统发育分析

大粒香作为贵州重要的优质稻资源，推广种植面积大，并且在乡村振兴过程中为社会带来了较高的经济效益。然而，目前对大粒香基因组学的理论研究报道较少。为揭示大粒香水稻叶绿体基因组(cpDNA)特征及系统发育关系，该研究对大粒香叶绿体进行测序，并分析其基因组特征。结果表明：(1)大粒香水稻cpDNA全长134 563 bp,包括1个大单拷贝区(LSC,80 864 bp)、1个小单拷贝区(SSC,12 347 bp)和2个反向重复序列区(IRs,20 676 bp)。(2)注释到129个基因，可分为蛋白编码、tRNA和rRNA三类基因，数量分别为85个、36个和8个。(3)密码子偏好分析显示，大粒香cpDNA密码子偏好A碱基或U(T)碱基，亮氨酸密码子使用了1 944次，使用次数最多；半胱氨酸的密码子仅使用198次，使用次数最少。(4)检测到129个SSR,其中有95个单核苷酸重复且大部分SSR序列由A/T碱基组成。(5)系统发育分析结果显示，大粒香与热带粳稻亲缘关系最近，聚为一类。该研究结果揭示了大粒香叶绿体基因组信息，并确定了大粒香系统发育所属分支。

• 单位
  贵州省农业科学院水稻研究所