连翘是一种极具观赏和药用价值的园林树种。综述了RAPD、SSR、ISSR、SNP等4种分子标记在连翘品种鉴定、遗传多样性和亲缘关系、DNA指纹图谱的构建和关联分析方面的应用,并对分子标记技术在连翘应用中存在的问题及前景进行了讨论,旨在为连翘分子标记在种质资源及遗传育种中的应用提供参考。