广金钱草转录组测序及生物信息学分析

作者：韦筱媚; 胡营; 唐美琼; 梁莹; 韦坤华^*; 缪剑华^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-20.

• 广金钱草
• 转录组
• 生物信息学分析
• 次生代谢
• 功能注释

为获得广金钱草[Desmodium styracifolium (Osb.) Merr.]的转录组信息，本研究通过BGISEQ-500平台对广金钱草叶片进行转录组测序及生物信息学分析。结果表明，5个转录组测序共获得6.35 Gb数据，组装去冗后共得到50 250个Unigene，总长度为72 121 520 bp、平均长度为1 435 bp、N50为2 276 bp以及GC含量为39.54%。将Unigene比对到七大功能数据库进行注释，最终分别有40 943 (Nr: 81.48%)、40765 (Nt: 81.12%)、30 480 (SwissProt: 60.66%)、32 410 (KEGG: 64.50%)、32 433 (KOG: 64.54%)、30 345 (Pfam: 60.39%)以及29 780 (GO: 59.26%)个Unigene获得功能注释。其中，与药效形成密切相关的KEGG代谢通路有黄铜类化合物的代谢和其它次生代谢物生物合成，涉及到多种黄酮类、萜类物质的生物合成。同时在10 003个Unigene中检测出33 084个CDS和13 339个SSR，预测到1 609个编码转录因子的Unigene。本研究对广金钱草的转录组信息进行测序，为功能基因鉴定、次生代谢途径解析及调控机制、分子育种等提供一定的参考。

• 单位
  广西壮族自治区药用植物园