钙调蛋白构象变化路径

作者：杨坤; **; 蒋华良; 朱维良; 王希诚

来源：大连理工大学学报, 2009, 49(04): 499-505.

• 钙调蛋白(CaM)
• 常规分子动力学(CMD)
• 靶向分子动力学(TMD)
• 全局构象变化

根据已发现的钙调蛋白(CaM)打开和闭合两种不同的构象,研究了拮抗剂对构象变化的影响以及CaM全局构象变化路径.首先,进行了含拮抗剂和不含拮抗剂的两种常规分子动力学模拟,结果表明:CaM在独立存在时具有从闭合状态开启的趋势,它的构象动态变化推动了CaM变构功能的实现;拮抗剂具有将CaM的构象变化"锁住"在闭合状态的功能,有利于CaM控制一些激酶和磷酸酶的活性.在此基础上,进一步用靶向分子动力学模拟了CaM从闭合到打开的构象变化过程,得到一条稳定的变化路径和4个可能的过渡态构象.

• 单位
  新药研究国家重点实验室; 工业装备结构分析国家重点实验室; 中科院上海药物研究所; 大连理工大学