应用系统进化方法评估徐海鸡遗传资源

作者：郭军; 曲亮; 窦套存; 王星果; 胡玉萍; 马猛; 韩威; 束婧婷; **华^*

来源：中国家禽, 2021, 43(01): 18-23.

DOI：10.16372/j.issn.1004-6364.2021.01.003

• 地方鸡
• 遗传多样性
• GBS测序
• Mantel测试
• 系统进化树

利用简化基因组SNPs数据分析徐海鸡及周边地方鸡种遗传多样性,为徐海鸡的保护和利用提供支持。收集徐海鸡等13个地方鸡种血液样品,提取基因组DNA,应用简化基因组测序技术进行SNP分型,获取群体遗传学参数,并以邻接法、最大似然法、贝叶斯法构建系统进化树。结果显示:徐海鸡基因组SNPs观测杂合度为0.18,期望杂合度为0.28,在受试地方鸡种中品种内遗传多样性属于中等程度。Mantel测试表明遗传距离与地理距离呈现正相关(P<0.05)。系统进化树显示多数地方鸡种间存在明显界限。研究表明:徐海鸡独立成枝,与其它地方鸡种存在遗传上差别;地方鸡种之间存在有限的基因流;与最大似然法、贝叶斯法相比,邻接法更适合利用简化基因组数据构建系统进化树。

• 单位
  江苏省家禽科学研究所