豫北新发猪圆环病毒3型的鉴定及全基因序列分析

作者：连凯琪; 周玲玲; 张明亮; 张慢; 王英杰; 宋玉伟; 关现军

来源：黑龙江畜牧兽医, 2019, (05): 5-9.

DOI：10.13881/j.cnki.hljxmsy.2018.07.0457

• 猪圆环病毒3型
• 基因组
• 序列分析
• Cap基因
• Rep基因
• B细胞表位

为了对疑似新发猪圆环病毒3型(PCV-3)感染病例进行确诊,试验采用PCR技术鉴定1例疑似感染PCV-3的猪,并将鉴定得到的PCV-3毒株的全基因组分成2个片段进行PCR扩增,分别构建到pMD18-T载体上测序,通过MegAlign软件对全基因序列进行同源性和遗传进化分析,利用在线生物信息学软件预测Cap和Rep蛋白的信号肽、核定位信号和B细胞表位。结果表明:成功鉴定出1株豫北新发PCV-3毒株,将此毒株命名为PCV-3/CN/HNAY-201806;对2个基因片段测序后拼接发现其基因组长度为2 000 bp(登录号为MH683051);同源性和遗传进化分析显示,PCV-3/CN/HNAY-201806与吉林长春毒株PCV-3/CHN/JLCC2016(登录号为KY421348.1)核苷酸同源性(99.6%)较高,与广西毒株PCV-3/GXFC2017-7(登录号为MG250186.1)同源性(98.8%)较低,不同地区间PCV-3基因组有差异但较小;对该毒株Cap和Rep蛋白序列分析显示,2个蛋白都没有信号肽序列,但都有核定位信号,Cap蛋白有9个B细胞表位,Rep蛋白有14个B细胞表位。

• 单位
  安阳工学院