白桦AP2/ERF家族基因的生物信息学分析

作者:张文慧; 黄勇; 贺登美; 谷心茹; 朱雪天; 国凤双; 卢有
来源:西部林业科学, 2020, 49(06): 112-136.
DOI:10.16473/j.cnki.xblykx1972.2020.06.016

摘要

从白桦转录组数据库中筛选出45条AP2/ERF家族蛋白,对其蛋白序列进行生物信息学分析和系统进化分析。结果表明,白桦AP2/ERF蛋白除了分为AP2、ERF、RAV和soloist家族外,还有2条蛋白不属于这些家族;不同组别白桦AP2/ERF蛋白在理化性质上存在差异;白桦AP2/ERF蛋白都含有磷酸化位点,但含有磷酸化位点的数量和种类上都有差异;白桦AP2/ERF蛋白大都定位在细胞核里,它们主要在细胞核中对下游基因进行转录调控;同一家族蛋白具有相同的三级结构及相同的motif,不同家族之间则存在差异。分析结果为白桦ERF基因功能研究提供参考。