三阴性乳腺癌关键基因FOS和SPP1的生物信息学分析

作者：谭玉靓; 唐标^*

来源：中国免疫学杂志, 2021, 37(12): 1454-1467.

• 三阴性乳腺癌
• 差异表达基因
• FOS
• SPP1

目的:基于生物信息学理论,从基因和通路层面分析三阴性乳腺癌(TNBC)的发病机制,揭示TNBC的关键致病基因,为TNBC的诊治和评估提供新思路。方法:通过GEO数据库下载TNBC细胞系的基因芯片信息和微矩阵数据,基于P值及|log2FC|值对GEO原始数据进行筛选,确定TNBC相关差异表达基因(DEGs)。利用David和KOBAS在线分析平台分别对获得的DEGs进行富集分析;利用STRING在线平台构建DEGs的蛋白质相互作用(PPI)网络。利用cytoscape的cytoHubba软件,得到关键基因。利用GEPIA在线平台,分析关键基因在TNBC不同病理阶段的异常表达。利用Kaplan-Meier Plotter在线分析工具,分析关键基因对TNBC患者预后的影响。结果:本研究共筛选得到61个DEGs。GO富集分析显示,这些DEGs参与正向调控血管内皮生长因子(VEGFs)、细胞迁移、G1/S期转换等生物过程。KEGG富集分析显示,DEGs介导PI3K/Akt、P53以及炎症相关因子等多条信号通路。PPI网络显示DEGs之间具有联系;PPI网络的关键节点FOS和SPP1与患者预后相关。结论:DEGs介导的通路可能是TNBC的发病机制,关键基因FOS和SPP1与TNBC患者预后密切相关,或许可作为TNBC预后评估的生物标记。

• 单位
  湖南中医药大学