分子动力学模拟已在化学、材料等科研领域得到广泛应用，但在本科化学、材料学实验中鲜有涉及。为培养学生化学、材料计算设计思维，同时帮助学生充分掌握分子动力学模拟方法，基于锂离子电池有机电解液研究案例设计了一个分子动力学模拟综合实验。本实验设计包括分子和溶液结构建模、结构优化、模拟退火、热浴平衡、后处理性质计算等操作步骤，帮助学生初步掌握分子动力学模拟的基本原理、流程和分析方法，实现理论方法水平和软件操作技能的双重提升。
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