通过整合分析解析AML1-ETO融合蛋白靶基因的方法

作者：李易真; 杨文涛; 何苗苗; 范惠咏; 张济; 王侃侃

来源：肿瘤, 2011, (06): 495-501.

DOI：10.3781/j.issn.1000-7431.2011.06.004

• 白血病
• 基因表达调控
• AML1-ETO融合蛋白
• 靶基因 Leukemia
• Gene expression regulation
• AML1-ETO fusion protein
• Target gene

目的:通过整合不同来源的表达谱数据和转录因子结合位点分析方法,以解析受AML1-ETO融合蛋白调控的潜在靶基因。方法:整合含有异常转录因子的表达谱数据和RNA干扰该转录因子的表达谱数据,筛选出与该转录因子密切相关的差异表达基因,应用转录因子结合位点分析法解析和评价该转录因子的潜在靶基因。以富集和干扰AML1-ETO融合蛋白表达的表达谱数据作为实例,具体解析AML1-ETO融合蛋白调控的潜在靶基因,并通过染色体免疫共沉淀-实时定量PC(Rchromatin immunoprecipitation-real time quantitative-PCR,ChIP-qPCR)验证这种方法的可靠性。结果...

• 单位
  上海交通大学医学院附属瑞金医院; 医学基因组学国家重点实验室