角瓜与南方根结线虫非亲和互作相关MicroRNAs的鉴定

作者：叶德友; 漆永红; 张化生

来源：华北农学报, 2021, S1: 333-340.

• 角瓜
• 南方根结线虫
• 非亲和互作
• miRNAs
• 鉴定

为鉴定角瓜与南方根结线虫非亲和互作中的植物源MicroRNAs(miRNAs),预测miRNAs的靶基因,解析miRNAs的表达模式。构建角瓜与南方根结线虫亲和、非亲和互作的小RNA(sRNA)文库,通过Solexa测序和生物信息学分析筛选鉴定角瓜与南方根结线虫非亲和互作相关的miRNAs,利用PsRNATarget软件预测miRNAs的靶基因,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)对测序获得的miRNAs进行表达验证。结果表明,18份样品测序获得的Unique reads数量在808 262～3 926 308条,长度24 nt的sRNA丰度最高,miRNAs占sRNA的0.3%～0.5%,包含565个已知miRNAs,归属75个miRNAs家族,其中miR156包含的家族成员数目最多。26条差异表达的miRNAs响应南方根结线虫胁迫的表达模式分为4种类型,其中10条显著差异表达的角瓜miRNAs与南方根结线虫非亲和互作密切相关。miRNAs靶基因预测显示,一个miRNA可调控多个靶基因,同一miRNA的靶基因同源性较高,miRNAs靶基因功能主要涉及转录激活,参与植物生长发育和调控,以及编码信号传导和细胞代谢相关蛋白等。这些研究结果为探明角瓜与根结线虫非亲和互作的miRNAs调控机理奠定了基础。

• 单位
  甘肃省农业科学院植物保护研究所; 甘肃省农业科学院蔬菜研究所