胰腺癌差异表达基因的筛选及其预后价值：生物信息学分析

作者：陈辉; 刘鹏; 王怀涛; 周磊; 谭晓冬

来源：现代肿瘤医学, 2022, 30(08): 1425-1430.

• 胰腺导管腺癌
• 生物信息学
• 差异表达基因
• 关键基因

目的:基于生物信息学方法通过大样本挖掘胰腺导管腺癌(pancreatic ductal adenocarcinoma, PDAC)发生发展的关键基因。从公开生物数据库中挖掘PDAC的关键基因，探讨其在PDAC中的表达情况和预后价值，为PDAC的诊断和靶向治疗奠定理论基础。方法:从基因表达汇编(Gene Expression Omnibus, GEO)和癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库分别下载基因芯片数据GSE16515、GSE28735,GSE62452和TCGA-GTEx,通过R语言计算差异基因，寻找共同差异基因，并且GO富集分析和KEGG通路分析，构建蛋白质相互作用(protein-protein interaction, PPI)网络，筛选关键基因，最后验证关键基因在PDAC中的表达情况以及与PDAC预后的关系。结果:总共鉴定了219个DEGs,其中139个表达上调，80个表达下调。最终筛选出10个PDAC关键基因，其中FN1、POSTN、VCAN、MMP1、EGF和ALB与PDAC不良预后显著相关(P<0.05),进一步发现VCAN联合ALB、MMP1和POSTN具有更高预测PDAC生存预后的价值。结论:通过公开生物数据库挖掘出的与PDAC预后显著相关的5个关键基因，为PDAC发病机制、临床诊断和治疗靶点的研究提供理论依据。

• 单位
  中国医科大学附属盛京医院