葫芦藓叶绿体基因组密码子使用模式分析

作者：李小娟; 刘文雅; 何彦峰; 李海月; 马晓东^*

来源：分子植物育种, 2023, 1-15.

• 葫芦藓
• 叶绿体基因组
• 密码子
• 使用偏好性

为了明确葫芦藓密码子使用偏好性及其影响因素，以葫芦藓叶绿体基因组的42条非重复CDS序列作为研究对象，使用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP等对其密码子进行中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析。结果表明，葫芦藓的叶绿体基因组以A/U结尾的密码子为主，第3位碱基的GC含量GC3′为13.54%；有效密码子数ENC值为29.93～39.57，平均值为34.12；GCall和GC1、GC2、GC3都呈极显著相关性(P<0.01)，ENC与GC1、GC2、GC3和GCall均无显著相关性；中性绘图分析显示GC12与GC3的相关系数为0.331 7，相关性不显著，回归系数为0.348；ENC-plot分析显示大部分基因与标准曲线的距离较远；PR2-plot分析显示在密码子的碱基使用频率上，U>A，G>C。最终确定了葫芦藓叶绿体基因组的12个最优密码子。综上所述，葫芦藓作为苔藓植物的模式物种，其叶绿体基因组密码子偏好的形成受多种因素影响，其中自然选择是主导因素。本研究结果可为葫芦藓叶绿体基因组密码子的修饰和优化提供理论依据。

• 单位
  青海民族大学