朱长文《琴史》的版本问题,在之前的研究中,一直没有得到全面清晰的解答,各家说法互相抵牾。《琴史》宋绍定刻本一度较为流行,而在清代曹寅楝亭丛书本问世后,曹刻本逐渐成为其更通行的版本。《琴史》的各个抄本曾被各大藏书家辗转收藏,其中元俞和抄本存在争议,且存亡不明,而在今天仍确凿可见的几个版本中,以明柳佥抄本为最古。