基于分子标记和高通量测序的基因精细定位

作者：王茂辉; 钟春燕; 罗文龙; 聂金泉; 郭涛; 王慧; 陈志强^*

来源：广东农业科学, 2018, 45(10): 1-174.

DOI：10.16768/j.issn.1004-874X.2018.10.001

• 水稻斑点叶突变体
• 分子标记
• 高通量测序
• 基因定位
• 序列比对

水稻斑点叶突变体Spl34是自然获得的突变体,在研究其形态学和生理生化等方面的基础上,利用粳稻Francis和Spl34杂交构建F2基因定位群体进行精细定位研究,遗传分析表明Spl34的斑点叶表型受单个显性基因Spl34(t)调控;利用SSR/InDel标记对无斑点叶隐性单株进行连锁分析,将Spl34(t)精细定位于第11号染色体23.483～23.530 Mb之间,定位区间长度为46.99 kb,筛选出8个候选基因。另外,利用高通量测序技术对F2(Francis/Spl34)有斑点个体混合池、无斑点个体混合池以及双亲进行重测序,利用基因组SNP对有斑点和无斑点混合池进行关联分析,将Spl34(t)定位于第11号染色体23.223～23.791 Mb之间,区间大小约568 kb;进一步利用单分子测序技术对Spl34突变体进行测序,通过从头组装、关联分析,在两个重叠群tig00001409和tig00003011检测到紧密连锁。通过对两个重叠群之间序列进行Sanger测序并产生的新重叠群长度达到233.95 kb,其中Spl34(t)定位区间大小约40 kb。将斑点叶基因Spl34(t)精细定位于第11号染色体约40 kb的区间,为进一步开展该基因的功能研究奠定了良好基础。

• 单位
  国家植物航天育种工程技术研究中心; 肇庆市农业科学研究所; 广东省农业科学院蔬菜研究所; 华南农业大学